Horisontaalsed rakendusaktid on õigusaktid, mis kohalduvad sõltumata sellest, millisest meetmest toetust antakse.
- Vabariigi Valitsuse 22. detsembri 2006. a määrus nr 275 „Perioodi 2007-2013 struktuuritoetuse andmist korraldavate asutuste akrediteerimise tingimused ja kord”
- Vabariigi Valitsuse 19. aprilli 2007. a määrus nr 111 „Perioodi 2007 – 2013 struktuuritoetuse andmist korraldavate asutuste määramine”
- Vabariigi Valitsuse 31. jaanuari 2007. a määrus nr 26 „Perioodi 2007-2013 struktuuritoetuse kulude abikõlblikkuse ja mitteabikõlblikkuse määramise tingimused ja kord”
- Vabariigi Valitsuse 30. augusti 2007. a määrus nr 211 „Struktuuritoetuse andmisest ja kasutamisest teavitamise, avalikustamise ning struktuuritoetusest rahastatud objektide tähistamise ja Euroopa Liidu osalusele viitamise tingimused ning kord”
- Vabariigi Valitsuse 22. detsembri 2006. a määrus nr 276 „Perioodi 2007-2013 struktuuritoetuse seire ja hindamise ning seirekomisjoni moodustamise kord”
- Vabariigi Valitsuse 8. mai 2007. a määrus nr 125 „Perioodi 2007-2013 struktuuritoetuse ja omafinantseeringu auditi tegemise ning struktuuritoetuse kasutamise lõpetamise ja osalise lõpetamise deklaratsiooni esitamise kord”
- Vabariigi Valitsuse 22. detsembri 2006. a määrus nr 278 „Toetuse tagasinõudmise ja tagasimaksmise ning toetuse andmisel ja kasutamisel toimunud rikkumisest teabe edastamise tingimused ja kord”
- Vabariigi Valitsuse 8.mai 2007. a määrus nr 126 „Struktuuritoetuse riikliku registri pidamise põhimäärus”
- Rahandusministri 1. märtsi 2007. a määrus nr 15 “Perioodi 2007–2013 struktuuritoetuse väljamaksmise tingimused ja kord”
- Rahandusministri 28. veebruari 2007. a määrus nr 14 „Perioodi 2007-2013 struktuuritoetuse kasutamise ja väljamaksmise aruannete esitamise tähtajad ja kord ning aruannete vormid”
- Rahandusministri 30. aprilli 2007. a määrus nr 30 „Perioodi 2007-2013 tehnilise abi meetmete ja horisontaalse tehnilise abi meetme toetuse andmise ning kasutamise tingimused ja kord”
- Rahandusministri 4. oktoobri 2005. a määrus nr 66 „Struktuuritoetuse riikliku registri kasutamise tingimused ja kord”
