Hindamine leiab aset programmi elutsükli teatud etappidel ning keskendub küsimustele vahendite jaotamise süsteemi toimivuse ja vahendite mõju kohta.
Hindamised jagunevad oma sisult rakendusliku iseloomuga hindamisteks, keskendudes süsteemi toimimisele, ning strateegilise iseloomuga hindamisteks, mis keskenduvad eesmärkide saavutamisega seotud hinnangute andmisele.
Viiakse läbi nii rakenduskavade üleseid (horisontaalseid hindamisi) kui ka rakenduskava- ning meetmepõhiseid hindamisi.
Hindamist viiakse läbi kolmes etapis programmi eluea jooksul:
1) eelhindamine enne programmi paikapanekut, mida teostab iga EL liikmesriik, sh Eesti;
2) jooksvad hindamised (sh vahehindamine) programmi elluviimise käigus, mis on valikuline ja mida teostab liikmesriik;
3) järelhindamised pärast programmperioodi lõppu, mida teostab Euroopa Komisjon.
2010 - 2011. aastal viiakse läbi mitmed olulised meetmete vahehindamised ning kõiki rakenduskavasid hõlmav ametlik vahehindamine, mis annavad teavet eesmärkide poole liikumise kohta sel eelarveperioodil ja sisendi järgmise perioodi strateegia kavandamiseks.
Lisaks hindamistele viiakse läbi uuringuid ja auditeid. Uuring keskendub ühele konkreetsele küsimusele või probleemile ning seda kasutatakse olukorra kaardistamiseks. Hindamise käigus, erinevalt uuringust, selgitatakse välja kaardistatud olukorra põhjused. Auditit teostatakse tagantjärele ja dokumente kontrollides.
NB! Projektide hindamine ja struktuuritoetuse hindamine on erinevad asjad.
