Struktuuritoetuse saamiseks esitab taotleja õigeaegselt projektitaotluse ja muud vajalikud dokumendid vastava meetme rakendusüksusesse. Projektitaotluste hindamine jaguneb kahte etappi:
1. samm: Taotluste tehnilise ja finantsvastavuse kontroll
Rakendusüksuses toimub taotluste läbivaatamine ja taotlejate nõuetele vastavuse esmane kontroll. Taotleja finantsvastavuse kontrolliga peab olema eelkõige tagatud, et taotleja on maksevõimeline, et ta ei ole maksuvõlglane ning et tal on projekti teostamiseks piisavalt rahalisi vahendeid. Taotleja on kohustatud taotluste läbivaatamise jooksul vastama kõikidele rakendusüksuse töötaja poolt taotluse kohta esitatud küsimustele ning vajadusel võimaldama rakendusüksuse esindajal enda juures teha nn. kohapealset eelkontrolli.
Esmase ehk tehnilise hindamise faasis hinnatakse korrektselt esitatud projektitaotluste vastavust meetme määruses toodud projektivaliku kriteeriumidele. Vastavalt rakenduskavadele peab iga struktuurifondide poolt kaasrahastatav projekt vastama allpool esitatud kuuele põhikriteeriumile:
1) projekt on kooskõlas riikliku strateegiaga struktuurivahendite kasutuselevõtuks ning vastab selle prioriteetse suuna eesmärkidele, millest abi taotletakse;
2) projekt on asjakohane – tugineb asjassepuutuvatele uuringutele, arengukavadele ja põhjendatud vajadustele;
3) projekt on majanduslikult või sotsiaalselt mõjus (hinnatakse vastavalt toetust pakkuva fondi eesmärkidele);
4) projekt on jätkusuutlik ning looma püsiva või pikaajalise lisandväärtuse;
5) toetus on projekti teostamiseks vajalik;
6) taotleja on võimeline projekti ellu viima.
2. samm: Taotluste sisulise kvaliteedi hindamine
Kõik tehniliselt nõuetele vastavaks tunnistatud taotlused lähevad edasi sisulise hindamise vooru, kus hinnatakse projektide kvaliteeti. Taotlusi hindab sõltuvalt meetmest kas hindamiskomisjon või sõltumatutest ekspertidest koosnev hindamispaneel.
Hindamiskriteeriumid sätestatakse vastava meetme määruses ning nende kriteeriumide alusel selgitatakse taotluste paremusjärjekord. Projektivaliku täpse hindamismetoodika töötab välja rakendusasutus või -üksus iga meetme kohta eraldi. Hindamiskriteeriumid peavad olema selgelt määratletud ja üheselt mõistetavad. Projektitaotluste hindamis- ja valikuprotsess dokumenteeritakse.
Taotluste hindamise tulemusena otsustatakse, kas taotlus rahuldatakse ja projekt saab struktuuritoetust või mitte. Taotluse rahuldamise otsus on haldusotsus, millega täpsustatakse projektile eraldatud summa ning toetuse saaja kohustused toetuse kasutamisel.
