Projektide osas viiakse läbi järgmisi kontrolle:
- projekti kohapealne kontroll e paikvaatlus
- projekti audit

Kohapealset kontrolli viib läbi rakendusüksus või rakendusasutus, kes tuleb projekti koha peale kontrollima kas enne projekti elluviimise alustamist (et veenduda, kas taotleja poolt enda ja oma tegevuse kohta antud andmed on õiged) või projekti elluviimise ajal. Eemärgiks on tuvastada, kas projekt reaalselt eksisteerib ning tegutseb vastavalt abi andmise otsuses toodule sh. kas deklareeritud kulutused on ka tegelikkuses aset leidnud, kas kulutused on abikõlblikud, õigusaktidega kooskõlas ning dokumentaalselt tõestatud. Lisaks vaadatakse, kas projekti raamatupidamine on eraldatud toetuse saaja ülejäänud raamatupidamisest.

Kontrollitakse, kas projekti raames hankeid tehes on kasutatud nõutud hankemenetlust või on täidetud kolme pakkumise küsimise nõue, kas toetuse saaja on täitnud teavitamisega seotud kohustusi ning kas toetuse saaja säilitab kõiki toetuse saamise ja kasutamisega seotud originaaldokumente (sh kuludokumendid, koolituse puhul osalejate nimekiri (kus on osalemine allkirjaga kinnitatud) ja õppematerjalid, nõustamisteenuse puhul kirjalik dokumentatsioon nõustamisteenuse osutamise kohta, koosolekute protokollid, kirjavahetus ja kirjalikud kokkulepped) .

Projekti auditi viivad läbi Rahandusministeeriumi finantskontrolli osakonna, rakendusasutuse, rakendusüksuse või Euroopa Komisjoni audiitorid. Projekti audit võib toimuda projekti elluviimise ajal või pärast projekti tegevuste lõppemist. Projekti auditi puhul on kontrolli ulatus sarnane kohapealse kontrolli ulatusega.

Lisaks kohapealsele kontrollile ja projekti auditile, on oluliseks infoallikaks projekti elluviimise kohta projekti seirearuanne.  Projekti seirearuanne kajastab projekti finantsilist ja sisulist progressi. Seirearuande koostab toetuse saaja rakendusasutuse poolt ettenähtud tähtaegadeks ja vormil ning esitab selle rakendusüksusele. Seiret projekti progressi suhtes teostatakse võrrelduna taotlusvormis/rahastamisotsuses sätestatuga. Projekti lõppedes esitab toetuse saaja lõppmaksetaotlusega koos projekti lõpparuande, kus on toodud informatsioon projekti raames saavutatud tulemuste kohta.