Projektitaotluste hindamine jaguneb kahte etappi:

• taotluste tehnilise ja finantsvastavuse kontroll
• taotluste sisulise kvaliteedi hindamine

Projektitaotluste tehnilist ja finantsvastavuse hindamist viib läbi rakendusüksus, kuhu taotlus on esitatud. See tähendab, et rakendusüksuses toimub taotluste läbivaatamine ja taotlejate nõuetele vastavuse esmane kontroll. Taotleja finantsvastavuse kontrolliga peab olema eelkõige tagatud, et taotleja on maksevõimeline, et ta ei ole maksuvõlglane ning et tal on projekti teostamiseks piisavalt rahalisi vahendeid. Taotleja on kohustatud taotluste läbivaatamise jooksul vastama kõikidele rakendusüksuse töötaja poolt taotluse kohta esitatud küsimustele ning vajadusel võimaldama rakendusüksuse esindajal enda juures teha nn. kohapealset eelkontrolli.

Esmase ehk tehnilise hindamise faasis hinnatakse korrektselt esitatud projektitaotluste vastavust meetme määruses toodud projektivaliku kriteeriumidele. Vastavalt rakenduskavadele peab iga struktuurifondide poolt kaasrahastatav projekt vastama allpool esitatud kuuele põhikriteeriumile:

• projekt peab olema kooskõlas riikliku strateegiaga struktuurivahendite kasutuselevõtuks ning vastama selle prioriteetse suuna eesmärkidele, millest abi taotletakse;
• projekt peab olema sisult ja ajastuselt asjakohane – tuginema asjassepuutuvatele uuringutele, arengukavadele ja põhjendatud vajadustele;
• projekt peab olema majanduslikult või sotsiaalselt mõjus;
• projekt peab olema jätkusuutlik ning looma püsiva või pikaajalise lisandväärtuse;
• toetus peab olema projekti teostamiseks vajalik;
• taotleja peab olema võimeline projekti ellu viima.

Rakendusüksuse ülesandeks on ka projektitaotluste sisuline hindamine selle korraldamise või selles osalemise kaudu. Kõik tehnilise hindamise faasid läbinud, s.o nõuetele vastavaks tunnistatud taotlused lähevad edasi n-ö sisulise hindamise vooru, kus toimub projektide kvaliteedi hindamine. Taotlusi hindab sõltuvalt meetmest kas hindamiskomisjon või sõltumatutest ekspertidest koosnev hindamispaneel. Toetuse taotlemist ja eraldamist käsitleva meetme tingimuste määrusega kehtestatud hindamiskriteeriumide alusel selgitatakse taotluste paremusjärjekord. Projektivaliku aluseks oleva täpse hindamismetoodika töötab välja rakendusasutus või -üksus iga meetme kohta eraldi. Objektiivse hindamise saavutamiseks peab rakendusüksus tagama, et kõik valiku tegemise aluseks olevad kriteeriumid oleksid selgelt määratletud ja üheselt mõistetavad. Projektitaotluste hindamis- ja valikuprotsess kuulub tervikuna dokumenteerimisele.

Taotluste hindamise tulemusena otsustatakse taotluse rahuldamine (projekti kaasrahastatakse) või rahuldamata jätmine (projekt jääb toetusest ilma). Lõppotsus edukaks osutunud taotluse EL struktuurivahenditest kaasrahastamise kohta võetakse vastu haldusotsusena.  Haldusotsusega (taotluse rahuldamise otsus) täpsustatakse projektile eraldatud summat ning toetuse saaja kohustusi toetuse kasutamisel.