Joonis: Struktuurivahendite rakendussüsteemi ülesehitus perioodil 2007-2013

Rakenduskavade korraldusasutuseks, makseasutuseks ja auditeerivaks asutuseks on Rahandusministeerium.

Korraldusasutuse (KA) rolli täidab Rahandusministeeriumi Euroopa Liidu struktuurivahendite ja välisvahendite osakond, korraldusasutuse peamiseks ülesandeks on tagada struktuurivahendite õigusaktidele vastav ning eesmärgipärane rakendamine. Korraldusasutuse on seega Euroopa Komisjoni ees vastutav struktuurvahendite rakendamise eest tervikuna ning ühtlasi täidab  Euroopa Komisjoni peamise koostööpartneri rolli rakendamise faasis. Lisaks täidab Rahandusministeerium rakendusasutuse ja -üksuse rolli tehnilise abi meetmete osas.

Makseasutuse (MA) ülesandeid täidab Rahandusministeeriumi Euroopa Liidu maksete osakond. Makseasutuse peamiseks ülesandeks on kinnitada Euroopa Komisjonile deklareeritavate kulude abikõlblikkust ning taotleda struktuuritoetuse vahendeid.

Auditeerivaks (AA) asutuseks on Rahandusministeeriumi finantskontrolli osakond. Auditeeriv asutus on struktuurivahendite rakendussüsteemi suhtes välisaudiitor, kes viib läbi sõltumatud auditeid nii rakendussüsteemi kui toetatavate projektide osas.

Rakenduskava juhtministeeriumid koordineerivad rakenduskavade ettevalmistamist, kutsuvad kokku ning juhivad rakenduskava seirekomisjoni ning vastutavad ka rakenduskava kommunikatsioonikava ettevalmistamise ja Euroopa Komisjonile esitamise eest.

Rakendusasutused (RA) valmistavad oma haldusala meetmete osas ette toetuse andmise ja kasutamise tingimused (nn. meetme tingimused) ning vastutavad seeläbi oma haldusala piires rakenduskavades defineeritud sisuliste eesmärkide saavutamise eest.

Rakendusüksused (RÜ) menetlevad toetuse taotlusi, kontrollivad väljamaksetaotlusi ning kulude abikõlblikkust, teevad väljamakseid, teostavad järelevalvet projektide üle ning nõustavad toetuse saajaid.
 

Joonis: seosed struktuurivahendite süsteemis

EK - Euroopa Komisjon
TT - toetuse taotleja
TS - toetuse saaja