Struktuuritoetuse täpsemaks ja otstarbekamaks kasutamiseks on koostatud kolm rakenduskava, mis on suunatud majandus- ja elukeskkonna parendamiseks ning inimeste haridus- ja tööelu edendamiseks.
Rahandusministeerium korraldab struktuurivahendite jagamist rakenduskavade üleselt, vastutab vajaliku õigusliku raamistiku loomise ja ajakohastamise eest, taotleb Euroopa Komisjonilt struktuurivahendeid ning viib läbi Euroopa Liidu õigusaktides määratud auditeid. Rahandusministeeriumis tegutsevad struktuurivahendite korraldus-, makse- ja auditeeriv asutus.
Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium juhib Majanduskeskkonna arendamise rakenduskava elluviimist ning täidab nii juhtministeeriumi kui struktuuritoetuse rakendusasutuse ülesandeid.
Keskkonnaministeerium on Elukeskkonna arendamise rakenduskava juhtministeerium ja täidab rakendusasutuse ülesandeid.
Haridus- ja Teadusministeerium on juhtministeeriumiks Inimressursi arendamise rakenduskava elluviimisel, samuti täidab ministeerium rakendusasutuse ülesandeid.
Struktuurivahendite prioriteetsete suundade rakendusasutused on veel Sotsiaalministeerium ja Siseministeerium.
Rakendusüksused, mis korraldavad toetuste taotlemist ning suhtlevad otse toetuse saajatega, on järgmised:
- Sihtasutus Innove
- Ettevõtluse Arendamise Sihtasutus
- Keskkonnainvesteeringute Keskus
- Kredex
- Lennujaam
- Maanteeamet
- Sihtasutus Archimedes
- Tehnilise Järelevalve Amet
- Riigi Infosüsteemi Amet
- Veeteede Amet
- Rahandusministeerium
- Sotsiaalministeerium
